在此先強調女神轉生不但是限制級的成年人遊戲,此幻想故事更含有強烈的宗教與國家影射,尤其是Christanity與美日二國;當中對教義中的神、天使、教會都有比較負面的描述,有Christanity信仰的人請慎入。
和也剛剛被軍警無故陷害,現今逃了出來自然想回家報個平安。潤二與阿猛亦樂意同行。回到家中和也母如平日熱情慰問,更叫他走近一點,潤二與阿猛覺得情況有點不自然阻止了和也.......
和也母搖身一變變成"天邪鬼"!更說已經殺掉他母親將之食掉,今次再要吃掉三人;和也悲憤地要報殺親之仇,宰了天邪鬼。整棟屋中空無一人,潤二先開口:
現在我不知可以說些甚麼,但希望你的心靈不要因此充滿仇恨.......
阿猛對喪母之痛有切身體驗,十分不爽潤二說教,反駁:
夠了潤二!! 現在還要說迂腐的廢話嗎!? 現在我們應該讓和也靜一靜為他母親禱告呀!
等到和也心情平復起來,他的愛犬Pascal很懂事撲過來,似乎示意要一起離開傷心地,Pascal由是隨行。再出到門口,鄰人說和也的冤情被洗掉,也抓到兇手了,但事情真的如此巧合嗎?
歷代女神轉生初期極強的伙伴--塞伯拉斯吉祥寺魔物越來越多,更出現了變成喪屍的市民.....三人再拉攏了一些仲魔又到了邪教館,館內的老頭說Pascal有靈性不是普通的狗,靠一名仲魔的力量幫助實力會非比尋常;如果答應進行合體Pascal便會進化成很像獅子的地獄犬---塞伯拉斯( Cerberos )。



仲魔合體示範,此例是在世嘉Mega Drive CD-Rom版獨一無二的"墨菲斯特" (要認識此惡魔可以查"浮士德"
三人都有查探吉祥寺淪為"魔城"的打算,最後覺得區內新建的"生態研究所"有點問題,於是一起潛入(之前在問題醫院"多手"拿掉的ID卡有用了),好奇怪地妖豔女子由利子守在頂層門口,但很快離開,三人在盡頭看見了STEVEN口中的Terminal。
Terminal內的是上次在井之頭公園發夢遇上那蘆屋道滿,他聲稱要把魔界的同志弟兄們從Terminal召來凡間,既然和也發現了便要像上次夢境一樣打敗三人;不過塞伯拉斯實在太厲害了,道滿戰死。
現今可以試用Terminal,可是塞伯拉斯太心急,被Terminal傳到不知那兒.......三人無奈地聽聽電腦系統介紹terminal功能,到了唯一的傳進處-----新宿市。
--------------------------------
由Terminal到了新宿市的地下街區域,三人到來酒吧打聽有關近來東京怪事,現今東京不但充斥著惡魔,五島更發動政變把整區進入"封鎖戒嚴"狀態......更糟糕的是,美國不滿五島的政變勾結惡魔擾亂東京,駐日大使"托魯曼"(Thorman) 奉命集結了所有駐日美軍與五島軍對峙,大家都不知東京會變成怎樣。
同時,新宿出現了兩個大規模宗教傳道,一邊是要人們期禱救世主與神拯救亂世的彌賽亞教;另一是明言人類面臨末世,只有不吝嗇授與人類知識,與神革命對抗的路西法才是人類歸依的蓋亞教會.............
亦有傳聞有一本地的地下組織不支持五島也不滿美軍侵犯日本人主權,進行遊擊戰;首領是叫優香的年輕女子;阿猛聽了反應比較大,因為傳聞小澤一直幫五島大佐動員勢力追緝一叫優香的女子,三人繼續"探風"。
其中一間酒吧老板竟然知道和也的電腦包含"惡魔召喚程式",三人好奇下繼續交談,老板刻意表示東京變成惡魔肆虐是無法接受,又問他們是否認同要以強大力量將之"撥亂反正",若和也否定老板會交一個有暗頭的酒吧火柴盒他們,表示將來可以會見同道中人.....
落到地下街有"信物"所以可以通過,中間出來了一位貌美的東方女子,原來就是首領優香.........
優香看見和也十分高興,說上次夢境幸好他們把她從陰陽師手中救出來。優香對五島"勾結"魔界控制東京十分反感,也不認同美軍打算在境內鎮壓一切;但她最悲觀的預測是美軍其實暗地在東京灣安排了很多載有核彈頭的潛艇對付"惡魔"們,由得事態惡化日本便大難臨頭,但先做的是打五島抓去做"人體惡魔實驗"的市民救出,當中包括潤二的女朋友優香。
優香說要救人便要對付五島的新左右手小澤,潤二要救情人自然義不容辭~~阿猛更是十分興奮:
我的仇人小澤的敵人便是我的朋友,沒有問題!
和也最後也肯首,優香對三人十分感激。不巧地那由利子竟然出現,更說可以向五島交差,接著她與優香二人便瞬間消失了;接著有組織成員驚叫五島透過電台宣佈要在"東京都廳舍"公開處決優香,以儆效尤;三人馬上趕往西區的都廳。

在新宿的大電視,出現了五島的公開宣言:
我國的文化正在墮落,原因是忘記大地的恩惠;歧視、貧窮與戰爭因而在世界不斷。
可是我們已經喚醒了古代各文明的神祇們,一班被今天彌賽亞教所醜化的"惡魔"們! 這樣做是為了提防足以毀掉日本文明的危機,為了制此這陰謀我們要與古代各文明的神祇們合作,讓人類與真正的神明們共存建立真正的烏托邦........
三人在到都廳途中調查一可疑的大宅,卻遇上小澤,小澤表明幫助五島只是一時,最終要實現控制日本的野心,更揚言自己跟五島學得了惡魔召喚之術;結果三人打退了惡魔,但小澤一早已經逃去。
到了都廳舍的中央廣場,由利子與政變軍在民眾旁觀下,以十字架鎖著優香準備處決;最後關頭和也們還是把大隊的自衛隊與惡魔們打敗,救出優香。回到新宿,優香答謝大家叫潤二快到市谷區救情人;又提議阿猛跟遊擊隊一起收拾小澤;阿猛與潤二雖然與和也相識不久,但一起共過患難,三人不捨地道別....阿猛更苦笑自己從小長大都覺悟永遠不是當好人的料子,怎料會有幫助他人的一天呢.........
優香見和也不知去處如何,提議二人一起找五島與托魯曼交涉,盡力拯救東京。優香為準備此行,早已非法複製有關地方的通行証.......二人先到市谷區五島的政變司令部。
http://mymedia.yam.com/m/1907399 轉載yam blog的女神轉生soundtrack試聽,此曲是"美國大使館"BMG
http://mymedia.yam.com/p/90945 此曲是蓋亞教會與混沌的插曲
----------------------------
五島見了和也與優香沒有十分憤怒,反而心平氣和希望二人聽一聽他的說話:
歡迎二位!我是五島,已經等了大家一會。我明白和也母親的死與我靡下的惡魔有關,優香也對我十分反感。
可是,我希望你們聽一聽我把東京控制成"魔都"的原因。
支持美國橫遍世界的彌賽亞教,現今以唯一神Y.H.V.H的名義,計劃他們教義所言的"千年王國"。表面"千年王國"容許世人們回歸與世無爭的光明生活,可是!!彌賽亞教其實只會容許唯一神選中的小數人參與。其他沒有被唯一神選中的都會被美軍以核武"一筆清"。
也許你們不知道,其實"惡魔"、陰陽師、蓋亞教徙與一班異國神祇們亦很努力想阻止美軍的核武,但是這仍不足夠;我希望你們能夠放低昔日的親仇,一起拯救無辜的人們。答覆不需馬上給我,你們慢慢決定吧.....
二人再到六本木的美國大使館見托魯曼,他以英式紳士的風度接見大家,說:
Welcome! Nice to Meet you!
我是美駐日大使托魯曼,你們的傳聞我略有新聞。我們派美軍是為了拯救被惡魔危害生命的市民們,不過美軍的力量仍不足夠。
五島此人,想把遠古敵對救世主與神的大魔王---路西法召來東京,我們有絕對理由阻止他。
美軍的科技對惡魔們沒有優勢,但你們可以。希望你們可以一起合作打敗五島,那麼,東京便不受惡魔滋擾,可以回復昔日的和平與生氣...你們再考慮一下吧......
-------------------------------

這是一個十分重大的決擇,五島與美國兩方各不相讓,東京的命運與和也優香牽在一線。如果答應五島便要到六本木收拾托魯曼,不答應五島便先召出二波的惡魔群,再釋放借自魔界的力量與和也決一死戰........
如果打敗五島向美方交差,大使會變回原形---北歐雷神托爾 (Thor),彌賽亞教竟然食言說東京太多惡魔不可收拾,潛艇的核武以ICBM (洲際導彈) 經已發射...!!!!但是托爾認為清洗地球所有惡魔以準備新生千年王國是最好........
若不聽從大使說話,和也便要苦戰托爾,他臨終前說美軍已發動托爾的"雷神之錘"清洗東京,接著以最後一口氣向彌賽亞教的千年王國歡呼........

和也與優香無法避開橫掃東京的ICBM,但優香以最後的魔法力啟動telepot秘術奇蹟地把和也送離"凡界",犧牲自己......
和也天旋地轉下到了佛家成仙的地方---金剛神界;在此,陰陽道祖師爺,役小角前來慰問和也......